Tỉnh Kostanay được chia thành 16 huyện và các thành phố Kostanay, Arkalyk, Lisakovsk, và Rudniy.

1. Huyện Altynsarin trung tâm hành chính là Obagan;
2. Huyện Amangeldi trung tâm hành chính là Amangeldi;
3. Huyện Auliekol trung tâm hành chính là Auliekol;
4. Huyện Denisov trung tâm hành chính là Denisovka;
5. Huyện Fyodorov trung tâm hành chính là Fyodorovka;
6. Huyện Kamysty trung tâm hành chính là Kamysty;
7. Huyện Karabalyk trung tâm hành chính là Karabalyk;
8. Huyện Karasu trung tâm hành chính là Karasu;
9. Huyện Kostanay trung tâm hành chính là Zatobolsk;
10. Huyện Mendykara trung tâm hành chính là Borovskoye;
11. Huyện Nauyrzym trung tâm hành chính là Karamendy;
12. Huyện Sarykol trung tâm hành chính là Sarykol;
13. Huyện Taran trung tâm hành chính là Taran;
14. Huyện Uzunkol trung tâm hành chính là Uzunkol;
15. Huyện Zhangeldi trung tâm hành chính là Torgay;
16. Huyện Zhetikara trung tâm hành chính là Zhetikara.

Năm địa phương sau đây trong Kostanay tỉnh có tư cách thị trấn: Kostanay, Arkalyk, Lisakovsk, Rudniy, và Zhetikara.